Maa- ja metsätalousministeriössä päädyttiin yhtiöittämään Boreal vuoden 2000 alusta. Sitä edellytti myös valtion budjettirahoituksen loppuminen ja ‘käyttäjä maksaa’ –periaatteen korostaminen kaikissa länsimaissa. Yhtiömuodon muuttuminen osakeyhtiöksi oli näin ollen luonnollista, kuten myös yksityisten intressitahojen tulo osakkaiksi vuoden 2000 aikana. Osakeomistusta tarjottiin kasvinjalostuksen intressiryhmille. Osakeanti suunnattiin ja osaomistajiksi tulivat nyt MTK, SLC, Hankkija-Maatalous Oy, Tilasiemen Oy, Kemira-Agro Oy ja Raision Yhtymän tutkimussäätiö. Annissa saamansa lisäpääoman Boreal investoi jalostustoimintaansa ja erityisesti sen bioteknologian kehittämiseen.
Kehitys valtion laitoksesta kaupalliseksi osakeyhtiöksi näkyi myös toiminnan tehostumisessa, keskittymisessä kasvualueisiin ja henkilöstön motivaatiossa. Saneeraustakin tarvittiin, eikä kasvukivuilta kokonaan vältytty, kun toimintapolitiikka ja työnjako jalostajan sekä lajike-edustajien kesken siemenmarkkinoilla muotoutui. Boreal vetäytyi käytännöllisesti katsoen käyttösiementuotannosta, joka on lajike-edustajien tehtävä, ja keskittyi lajikejalostukseen sekä kantasiementuotantoon. Tällä valinnalla Boreal menestyi ja tulos vahvistui.
Kasvinjalostustoiminta tunnustettiin osaksi Suomen huoltovarmuustavoitetta 2000-luvun alussa. Silloin lakia kasvinjalostustoiminnan edistämisestä täydennettiin siten, että Huoltovarmuuskeskus sai oikeudet ostaa kansallisesti tärkeiden kasvilajien kasvinjalostuspalveluita yrityksiltä edellyttäen, että itse jalostustyö tapahtuu Suomessa. Lähemmin nämä kasvilajit määriteltiin valtioneuvoston päätöksessä. Näin siirryttiin käytäntöön, jossa valtio oli kokonaan vetäytynyt kasvinjalostuksen tukemisesta, mutta huoltoperusteilla asianmukaiset edellytykset täyttäviä jalostusohjelmia voitiin rahoittaa yhteiskunnan varoista.
Kasvinjalostajanoikeudet tulivat Suomessa hyväksytyksi ja tunnetuksi 1990-luvulla, mutta ne oli myös täytäntöönpantava siemenmarkkinoilla ja viljelyssä. Niinpä tuottajajärjestöjen kanssa luotiin sopimusmenettely, jossa kasvinjalostajien ja maataloustuottajien järjestöjen kesken sovittiin tilan oman siemenen (TOS) rojaltien tasosta ja perintätavasta. Näin tuottajajärjestöt tunnustivat kasvinjalostuksen maatalouselinkeinon omaksi tuotekehitykseksi, jota jokaisen lajikkeita hyödyntävän viljelijän kannattaa rahoittaa. Laki kasvinjalostajan immateriaalioikeudesta saatiin näin toimimaan käytännössä ensimmäisen kerran täysimittaisesti kesän 2002 viljelyssä.
